Debido a los continuos combates con los ejércitos mongoles y tártaros, el sultanato mameluco no pudo aguantar la embestida de las tropas turcas otomanas, quienes dominarían el país a partir de 1517, y hasta finales del siglo XVII. Los turcos contaban con cañones y mosquetes que utilizaban sus soldados, los “jenízaros”.
El último sultán mameluco, Tuman Bey, murió colgado en la puerta de Bab El Zuwayla (El Cairo). Esto llevó a que Egipto dejara de ser el centro del imperio y El Cairo aceptó su papel de capital provincial. Egipto fue regido por un gobernador (pashá) y controlado por una guarnición de jenízaros. Gran parte de las riquezas del país llenaron las arcas de Estambul y con ello los tesoros del sultán.
En lugar de terminar con los mamelucos, los otomanos los utilizaron en su administración. Para ello establecieron un gobernador y desplegaron seis “ocaks” (regimientos) en el país, como guarnición. Los miembros de los ocaks representaron un papel importante en la vida económica y política del país.
Las zonas rurales se consideraron posesiones de la corona y se dividieron en parcelas denominadas “iqta”, cuyos beneficios regresaban a la clase dirigente otomana.
A mediados del siglo XVII, los emires mamelucos, o beys, habían establecido su supremacía. Se cancelaron los impuestos sobre la tierra, pero los gremios urbanos, que eran buenos aliados de los ocaks turcos, tenían los impuestos muy elevados, para así poder contrarrestar la influencia otomana e incrementar los ingresos.
Los otomanos fueron derrotados por los mamelucos en Siria, pero continuaron dominando Egipto hasta 1798.
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