Aunque El Cairo propiamente dicho fue fundado por los fatimitas en el año 973, la ciudad es heredera de otras poblaciones mucho más antiguas, como; Heliópolis Babilonia, El Shama (actual barrio Copto), El Fustat, Al Askar…Los fatimitas o seguidores de Fátima (hija de Mahoma y esposa de Alí) habían proclamado en 909 un estado chiita en lo que hoy es Tunicia, para conquistar todo el mundo musulmán e imponer su doctrina religiosa.
Con este propósito el califa El Moizz Li Din Alah, organizó la invasión de Egipto en 969, dejando su antigua patria como una provincia lejana. La nueva capital fue dotada de murallas y de una gran mezquita Al Azhar. Durante cerca de un siglo El Cairo fue la sede del califato chiita, hasta que el poder de los fatimitas empezó a desaparecer a causa de los ataques de las cruzadas.
En 1173 Salah El Din El Ayubi (Saladino) expulsó a los fatimitas que quedaban y El Cairo se convirtió en la dinastía de los Ayubíes. Con ellos el chiismo dejó paso al Islam sunita.
La ciudad fue objeto de una remodelación total en la que se intentó unificar las cinco poblaciones y el puerto dentro de una sola muralla. Sobre la meseta que había al este de la ciudad se construyó un gran centro administrativo, militar y político, “La Ciudadela”.
Mientras en la Isla de Roda se acuarteló a un ejército compuesto de esclavos turcos, llamados Mamelucos. En 1250 estos guerreros tomaron el poder. Bajo el mandato de los sultanes mamelucos, la ciudad se embelleció con múltiples monumentos.
En 1517 la ocuparon los turcos. Mohamed Alí le daría un gran impulso a la ciudad a partir de 1805, con la construcción de nuevos barrios de influencia europea, en lo que se convertiría en el centro de la ciudad.
